Entstanden ist die FINMA im Jahr 2009 aus den drei Vorgängerbehörden Eidgenössische Bankenkommission (EBK), Bundesamt für Privatversicherungen (BPV) und Kontrollstelle für die Bekämpfung der Geldwäscherei (Kst GwG). Damit hat der Gesetzgeber die Aufsicht über den Finanzmarkt einer integrierten Behörde übertragen.
Die unabhängige Aufsichtsbehörde FINMA verfügt über eine zeitgemässe Führungsstruktur mit einem Verwaltungsrat, einer Geschäftsleitung und einer von der Eidgenössischen Finanzkontrolle (EFK) wahrgenommenen externen Revision.
Als strategisches Führungsorgan der FINMA verfügt der Verwaltungsrat nach dem Finanzmarktaufsichtsgesetz über sieben bis neun fachkundige und unabhängige Mitglieder. Er entscheidet über Geschäfte von grosser Tragweite, erlässt Verordnungen und Rundschreiben und verantwortet das Budget der FINMA. Gleichzeitig stellt er die interne Kontrolle durch eine interne Revision sicher und überwacht die Geschäftsleitung.
Die operativen Geschäfte werden von der Geschäftsleitung geführt. Diese besteht aus neun Mitgliedern: einem Direktor und den acht Leitern der Geschäftsbereiche. Die Geschäftsleitung erarbeitet die Entscheidgrundlagen für den Verwaltungsrat und ist für die Umsetzung der Beschlüsse dieses Führungsorgans zuständig. In allen Geschäften, die nicht dem Verwaltungsrat zum Entscheid übertragen sind, entscheidet die Geschäftsleitung selbst.
Die Unabhängigkeit der FINMA wird mit einer Rechenschaftspflicht und der politischen Oberaufsicht durch den Bund ausgeglichen. Die FINMA legt grössten Wert darauf, dass sich die für sie tätigen Personen integer verhalten und alles unterlassen, was Ansehen und Glaubwürdigkeit der FINMA gefährden könnte. Die FINMA verfügt über eine eigene Personalverordnung und hat einen Verhaltenskodex erlassen. Dieser enthält strenge Anweisungen, insbesondere zum Umgang mit Interessenkonflikten, die im Zusammenhang mit einer Tätigkeit für die FINMA auftreten können. Er richtet sich an alle für die FINMA tätigen Personen, namentlich Mitglieder des Verwaltungsrates sowie fest und temporär angestellte Mitarbeitende.
Die FINMA beschäftigte 2025 in befristeten und unbefristeten Anstellungsverhältnissen durchschnittlich 698 Vollzeitstellen (Vorjahr: 634). Rund 27 Prozent des Personals (Vorjahr: 26) arbeiteten Teilzeit in einem Beschäftigungsgrad von weniger als 90 Prozent.

Das Personal setzt sich aus einer breiten Palette an Spezialisten zusammen, die interdisziplinär zusammenarbeiten. In der FINMA sind Juristen, Ökonomen, Mathematiker, Wirtschaftsprüfer, Aktuare, Rechnungslegungsexperten, Anlagespezialisten und weitere Fachkräfte tätig.
Die FINMA ist schlank und effizient aufgestellt, geht risikobasiert vor, und setzt die Aufsicht proportional um. Von 2012 bis 2022 ist sie so gut wie gar nicht gewachsen. Das Wachstum seit 2023 geschah aufgrund neuer Aufgaben, neuer Themen und neuer Methoden - sowie sich akzentuierenden Risiken. Die absolute Obergrenze des ständigen Personalbestandes der FINMA (FTE in unbefristeter Anstellung) soll langfristig im dreistelligen Bereich liegen.