Les sections Surveillance banques de gestion de fortune et négociants en valeurs mobilières ainsi que Surveillance banques de détail et banques commerciales sont chargées de la surveillance des banques, des négociants en valeurs mobilières et des centrales d'émission de lettres de gage. Les établissements qui, avec d'autres entreprises intervenant dans le domaine financier, constituent une entité économique, sont en outre surveillés sur une base consolidée dans le cadre de la surveillance des groupes financiers.
Une fois leur autorisation obtenue, les établissements sont soumis à la surveillance courante. Il s'agit là de s'assurer que les conditions d'autorisation sont remplies en permanence et que les autres prescriptions légales et réglementaires sont respectées. En cas de lacune ou de violation des prescriptions, des mesures sont ordonnées en vue de rétablir l'ordre légal. Ce sont principalement la loi sur la surveillance des marchés financiers, les diverses lois spécifiques en matière de surveillance ainsi que leurs dispositions d'exécution respectives qui constituent le cadre réglementaire de cette surveillance. De nombreux éléments de détail sont en outre précisés par des circulaires. Enfin, l'autorégulation joue un rôle important. Par exemple, les directives de l'Association suisse des banquiers sont souvent reconnues par la FINMA comme standards minimaux applicables aux banques et aux négociants en valeurs mobilière.
Conformément au système de surveillance dit "dualiste", la FINMA appuie dans une grande mesure sa surveillance sur les travaux des sociétés d'audit agréées. Celles-ci font office de bras armé de la FINMA, effectuent régulièrement des audits auprès des établissements, et assurent ainsi la surveillance directe. Elles rendent compte à la FINMA du résultat de leurs travaux. Pour que la surveillance soit exhaustive et s'opère dans les meilleurs délais, la FINMA effectue également des interventions sur place pour compléter le système de surveillance dualiste. Les ressources en personnel limitées sont affectées en priorité aux établissements qui exigent une surveillance accrue en raison de leur profil de risque. Quant à l'approche de surveillance fondée sur le risque, elle se base sur une catégorisation des banques et des négociants en valeurs mobilières. Les établissements sont ainsi répartis en cinq catégories de surveillance selon des critères préétablis. De plus, chaque établissement passe par un processus de rating. Ces deux facteurs déterminent à leur tour des degrés de surveillance plus ou moins intenses.