Les coûts de la FINMA sont intégralement financés par les établissements surveillés, par le biais d’émoluments et de taxes de surveillance. La base légale à cet égard est l’art. 15 LFINMA. Le système de financement retenu est une synthèse des modèles de financement mis en place antérieurement par les autorités fusionnées avec, le cas échéant, des aménagements.
Les émoluments sont perçus à titre individuel auprès des établissements surveillés, principalement sur la base de décisions et de procédures de surveillance. En revanche, les taxes de surveillance ne peuvent pas être imputées au niveau des établissements, mais seulement à celui du groupe. Les coûts de surveillance générés par le groupe concerné sont ensuite répartis entre les établissements, en respectant autant que possible les principes de causalité et d’équité.